En un metanálisis prospectivo solo se usan ensayos identificados y seleccionados antes de conocer sus resultados. Esto permite evitar algunos de los problemas de los metanálisis. Normalmente, los metanálisis se realizan una vez finalizados los ensayos individuales. No obstante, la recopilación de estudios tras su finalización puede provocar problemas estadísticos. Por ejemplo, si se realiza un metanálisis porque se conoce un resultado positivo de un ensayo determinado, esto puede influir en la selección de otros estudios para el metanálisis y provocar un sesgo en el análisis. Este es el motivo por el que se realizan metanálisis prospectivos.