Homopasia molecular

En biología molecular, el término homoplasia se utiliza para hablar sobre marcadores moleculares. Una gran cantidad de marcadores moleculares se basa en la Reacción en Cadena de la Polimerasa o PCR (por sus siglas en inglés), la cual amplifica (crea numerosas copias) de fragmentos de ADN de longitudes cortas. Algunos ejemplos de marcadores moleculares basados en PCR son: RAPD, AFLP, SSR, SNP, entre otros. Los marcadores moleculares basados en PCR utilizan también la Electroforésis en Gel de PoliAcrilamida o PAGE (por sus siglas en inglés) para separar los fragmentos producidos durante la PCR de acuerdo a su longitud en pares de bases. Bajo estas condiciones se llama alelos homoplásicos u homoplásticos a fragmentos que tienen el mismo tamaño pero no la misma secuencia de bases. Los marcadores moleculares que utilizan la PAGE bajo condidiones denaturantes (es decir que no permiten la formación de una estructura secundaria en los framgentos de ADN, o lo que es lo mismo, los fragmentos se hallan en una configuración lineal) parten de la hipótesis de que fragmentos de igual tamaño tienen la misma secuencia. Es por esto que los alelos homoplásicos llevan a error en el sentido que pueden hacer pensar que dos fragmentos son iguales cuando en realidad sólo tienen en común la longitud en pares de bases. Los marcadores moleculares constituyen la herramienta filogenética más recientemente desarrollada.